研究入门：现代定量社会科学家如何工作？

本指南提供了安装、配置和使用Positron、Quarto和Zotero进行定量学术研究论文写作的实用指导。

1 安装

本节将指导您安装和设置Positron、Quarto和Zotero，用于撰写定量学术研究论文。

1.1 安装R、Positron和Quarto

首先，我们需要下载并安装R、Positron和Quarto。

1. 按照CRAN镜像上的说明下载并安装R。

2. 按照Positron下载页面上的说明下载Positron。

3. 运行安装程序并安装Positron。当被要求时，请勾选所有选项。

勾选所有选项

4. 按照Quarto入门指南上的说明下载并安装Quarto。

1.2 设置系统环境变量

接下来，我们需要为代理设置系统环境变量。

1. 打开Windows开始菜单并搜索Env。

2. 点击编辑系统环境变量。

3. 在系统属性窗口中，点击环境变量按钮。

4. 在环境变量窗口中，在系统变量部分下，点击新建按钮。

5. 在新建系统变量窗口中，输入HTTP_PROXY作为变量名，http://127.0.0.1:xxxx作为变量值。点击确定。（将xxxx替换为您代理使用的端口号。）

6. 重复步骤5，创建另一个名为HTTPS_PROXY的系统变量，值相同为http://127.0.0.1:xxxx。

7. 重复步骤5，创建另一个名为NO_PROXY的系统变量，值为localhost,127.0.0.1。

8. 点击确定关闭环境变量窗口。点击确定关闭系统属性窗口。

1.3 加入Github教育计划

要使用Github Copilot，我们需要加入Github教育计划。

1. 打开网络浏览器，访问GitHub Education。

2. 点击Join GitHub Education按钮。

3. 按照说明验证您的学生身份并完成申请过程。

1.4 更新Positron并设置Github Copilot Chat

现在，我们需要更新Positron并设置Github Copilot Chat。

1. 打开Positron。

2. 点击左下角的管理图标。

3. 点击设置打开设置选项卡。

4. 在设置选项卡中，搜索channel，将releases切换为dailies。

5. 点击左下角的管理齿轮图标。点击检查更新将Positron更新到最新版本。更新完成后，重启Positron。

6. 重复步骤2和3再次打开设置选项卡。

7. 在设置选项卡中，搜索assistant。勾选Enable Positron Assistant选项。

8. 点击左侧边栏的聊天图标打开聊天选项卡。

9. 在聊天选项卡中，点击添加模型提供商按钮。

10. 在配置语言模型提供商窗口中，选择GitHub Copilot。点击登录。

11. 在GitHub登录页面中，输入您的GitHub凭据进行登录。

12. 登录后，您将被重定向回Positron。现在您可以使用GitHub Copilot提供的大语言模型来协助您的编程工作。

1.5 安装R包管理器

接下来，我们需要安装R包管理器来管理R包。

1. 打开Positron。点击左侧边栏的扩展图标。

2. 搜索Positron R Package Manager。点击安装来安装扩展。

3. 扩展安装并激活后，您可以在左侧边栏找到R包管理器📖图标。

4. 将📖图标拖拽到右侧的辅助边栏中。

1.6 安装Zotero

最后，我们需要下载并安装Zotero来管理参考文献。

1. 从Zotero下载页面下载适用于您操作系统的Zotero安装程序。

2. 运行安装程序并按照屏幕上的说明完成安装。

3. 打开Zotero，打开编辑-设置，创建及登录一个帐户以同步您的参考文献，点击左上角新建分类在我的文库中新建一个分类，点击右边魔法棒图标将任意文献按doi添加到该分类。

4. 下载并解压Zotero Addons插件。

5. 打开Zotero，点击顶部菜单栏的工具，选择插件，点击齿轮，选择从文件安装插件，选择步骤3中下载的.xpi文件。

6. 选择工具-插件市场，安装Better BibTex for Zotero插件以获得更好的BibTex支持。

7. 在文库中右键点击标题栏，勾选引用以显示引用名称。

8. 选择编辑-设置-Better BibTex，在引用格式公式中，保留auth.lower + year。

9. 右键点击想要导出的文献库，选择导出分类，勾选保持更新，将文件命名为references.bib并保存到您的论文项目文件夹中。

2 使用方法

本节将指导您如何使用Positron、Quarto和Zotero撰写定量学术研究论文。

2.1 获取ORCID模板

现在，每次开始撰写新论文前，我们可以安装ORCID模板以获得更好的LaTeX格式。

1. 打开Positron，创建一个qmd文件作为您的文稿。点击底部边栏的终端。

2. 在终端中，输入以下命令并按回车：quarto add kv9898/orcid。

3. 当询问是否信任作者并继续时，输入Y。

4. 现在您可以使用ORCID模板工作。从这里复制并粘贴示例语法：ORCID模板。

5. 点击顶部栏的预览尝试编译文档。按照终端中的说明安装任何缺失的包。

2.2 YAML头部

您可以修改默认的YAML头部以满足您的需求。有关更多信息，请参考模板中代码的注释。

---
title: Orcid Template #更改文章标题
subtitle: with affiliation #更改文章副标题
date: last-modified #设置文章日期为最后修改时间，或者可以手动设置为具体日期，例如 '2024-06-01'
authors:
  - name: Dianyi Yang #更改作者姓名
    email: dianyi.yang@politics.ox.ac.uk #更改作者电子邮箱
    orcid: 0009-0004-4652-3429 #更改作者ORCID
    affiliations: #更改作者所属机构
      - ref: ox #选择所属机构，必须与下面的affiliations部分中的id匹配
      - ref: sec #选择所属机构，必须与下面的affiliations部分中的id匹配
    corresponding: true #更改为通讯作者
    equal-contributor: true #更改为并列贡献作者
  - name: Yang Dianyi #可添加多位作者
    orcid: 0009-0004-4652-3429
    affiliations: 
      - ref: ox
  - name: Someone else
    affiliations:
      - ref: ox
      - ref: sec
    orcid: 0009-0009-9108-5436
    equal-contributor: true

affiliations: #设置所属机构
  - id: ox #更改所属机构代号
    name: Department of Politics and International Relations, University of Oxford
  - id: sec #可设置多个所属机构
    name: Second Institute
format: #选择编译格式
  #native: default #编译为本地HTML格式
  #docx: default #编译为Word格式
  orcid-pdf: #编译为PDF格式
    keep-tex: true #选择是否保留.tex文件，投稿期刊通常需要
    number-sections: true #选择是否对章节编号
    cover: false #选择是否包含封面，如果true，值为cover.pdf
    toc: false #选择是否包含目录
    toc-newpage: false #选择目录是否另起一页
bibliography: references.bib #设置参考文献文件
csl: extra/apa.csl #设置引用格式
abstract: This is an abstract. #修改摘要内容
keywords: a, b, c #修改关键词
acknowledgements: This is an acknowledgement. #修改致谢内容
---

2.3 回归分析示例

以下是使用ORCID模板和mtcars数据集进行回归分析的示例，展示了撰写定量学术研究论文时的一些基本语法。

首先，让我们使用散点图检查汽车重量与燃油效率之间的关系。

点击顶部栏的”插入代码单元格”按钮插入r代码单元格，并将以下代码复制粘贴到代码单元格中：

# 为散点图分配标签以便交叉引用
# 图表标签应该有前缀"fig-"
#| label: fig-scatter
# 为散点图分配标题
#| fig-cap: "汽车重量与燃油效率的关系"
# 仅对图表输出设置echo、warning和message为false
#| echo: false
#| warning: false
#| message: false
# 安装必要的包
install.packages(c("ggplot2", "dplyr"))
# 如果包已安装，可以跳过上面的行
library(ggplot2)
library(dplyr)
# 创建描述性统计图表
ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) +
  geom_point(aes(color = factor(cyl)), size = 3) +
  geom_smooth(method = "lm", se = TRUE, color = "blue") +
  labs(
    x = "重量 (1000磅)",
    y = "每加仑英里数",
    color = "气缸数"
  ) +
  theme_minimal()

Figure 1: 汽车重量与燃油效率的关系

接下来，我们将进行回归分析。用LaTeX语法编写的方程应该用双美元符号$$ ... $$括起来，并使用{#label}分配标签以便交叉引用。

$$
mpg = \beta_0 + \beta_1 \cdot 重量 + \beta_2 \cdot 气缸数 + \epsilon
$$ {#eq-regression}  #方程标签应该有前缀"eq-"

\[ mpg = \beta_0 + \beta_1 \cdot 重量 + \beta_2 \cdot 气缸数 + \epsilon \tag{1}\]

我们也可以使用&来对齐方程。例如，如果我们希望方程在等号处对齐并作为一组引用，我们可以写：

$$
\begin{aligned}
1+2&=3\\
3+4&=7\\
11&=5+6
\end{aligned}
$$ {#eq-group}

注意这里我们使用\begin{aligned} ... \end{aligned}来对齐一组方程，使用\\表示换行，使用&表示对齐点。

这三个方程现在作为一组引用并在等号处对齐：

\[ \begin{aligned} 1+2&=3\\ 3+4&=7\\ 11&=5+6 \end{aligned} \tag{2}\]

最后，让我们创建一个回归表来总结我们的回归结果。我们将使用modelsummary包来创建格式良好的回归表。

# 为回归表分配标签以便交叉引用
# 表格标签应该有前缀"tbl-"
#| label: tbl-regression
# 为回归表分配标题
#| tbl-cap: "回归结果：燃油效率模型"
# 仅对图表输出设置echo、warning和message为false
#| echo: false
#| warning: false
#| message: false
library(modelsummary)
# 拟合回归模型
model1 <- lm(mpg ~ wt, data = mtcars)
model2 <- lm(mpg ~ wt + cyl, data = mtcars)
model3 <- lm(mpg ~ wt + cyl + hp, data = mtcars)
# 创建回归表
modelsummary(
  list("模型1" = model1, "模型2" = model2, "模型3" = model3),
  stars = TRUE,
  gof_map = c("nobs", "r.squared", "adj.r.squared")
)

Table 1: 回归结果：燃油效率模型

	模型1	模型2	模型3
+ p < 0.1, * p < 0.05, ** p < 0.01, *** p < 0.001
(Intercept)	37.285***	39.686***	38.752***
	(1.878)	(1.715)	(1.787)
wt	-5.344***	-3.191***	-3.167***
	(0.559)	(0.757)	(0.741)
cyl		-1.508**	-0.942+
		(0.415)	(0.551)
hp			-0.018
			(0.012)
Num.Obs.	32	32	32
R2	0.753	0.830	0.843
R2 Adj.	0.745	0.819	0.826

方程、图表和表格会自动按正确顺序编号，并可以在文本中交叉引用。

要在Quarto中创建正确的交叉引用，请使用以下语法：在您想要进行交叉引用的地方使用@标签，其中标签是您分配给图表、表格或方程的标签。例如，@eq-regression引用回归方程 Equation 1，@eq-group引用方程组 Equation 2，@fig-scatter引用散点图 Figure 1，@tbl-regression引用回归表 Table 1。您可以参考Quarto交叉引用文档获取更多交叉引用信息。

2.4 文献综述示例

以下是使用Quarto进行文献引用的示例。

首先，确保您已经按照前面 Section 1.6 的说明将references.bib文件添加到您的项目中，并在YAML头部中正确设置了bibliography字段。

其次，确保您已经下载并添加了对应引用格式的*.csl文件，并在YAML头部中正确设置了csl字段。引用格式文件可以从CSL仓库下载。

现在，您可以在文本中使用@引用键来引用文献。我们可以将引用放在句首。例如：

@lake2011 Lake (2011) 认为国际关系研究中的“主义”之争是有害的。

或者，我们也可以将引用放在句末：

国际关系研究中的“主义”之争是有害的[@lake2011](Lake, 2011)。

如果要引用多个文章，可以使用逗号分隔引用键，例如：

这里有两篇好文章[@lake2011, @hale2020] (Hale, 2020; Lake, 2011)。

最后，在文档的末尾添加以下内容以生成参考文献列表：

# References {.unnumbered} #添加没有编号的参考文献部分

::: {#refs} #将参考文献放这个位置，而不是文档的末尾
:::

References

Hale, T. (2020). Transnational Actors and Transnational Governance in Global Environmental Politics. Annual Review of Political Science, 23(1), 203–220. https://doi.org/10.1146/annurev-polisci-050718-032644

Lake, D. A. (2011). Why “isms” Are Evil: Theory, Epistemology, and Academic Sects as Impediments to Understanding and Progress1: Why “isms” are Evil. International Studies Quarterly, 55(2), 465–480. https://doi.org/10.1111/j.1468-2478.2011.00661.x